柯南和小五郎带着队伍去了美丽的小岛 "慎到 "去太平洋度假。这个岛自古流传，大概是关于古代遗迹 "水下宫殿 "那个沉在海底，300年前两个女海贼留下的宝藏传说。小兰和园方不怕传。当潜水靠近 "水下宫殿 "，他们意外地遇到了一大群寻找宝藏的猎人。不料其中一只突然被鲨鱼袭击，不幸身亡！小兰和紫苑幸运地逃脱了。柯南看到猎人离奇死亡，和阿沙拉一起展开调查。柯南认为猎人之死与宝藏传说有很大关系。他试图解决其背后的原因，以及 "水下宫殿 "一直在他的脑海里。在他发现了一组神秘的术语 "海盗旗 "，他以为已经好了，但是猎人突然出现，偷走了原来的宝藏！小兰和园子都在猎人的魔掌中，性命攸关！传说中隐藏着什么信息？什么？;的秘密是什么？"水下宫殿 "？通过300年的代码，柯南发誓要逐步解开这个谜。