东京、大阪和京都都发生了谋杀案，五名死者都是被蒙面黑人用山城和弓箭瞬间杀死的。警方介入调查后发现，死者都是专门在三个地方盗窃著名佛像和艺术品的盗窃集团“源氏萤火虫”的成员。团里有8个成员，以易经大臣的名字互相称呼，都拿着一把《义经记》，5个受害者手中的《义经记》被抢走。这一天，京都的古寺善能寺收到了一封奇怪的信，信中说如果能解开信中所附的绘画之谜，就能找到八年前被盗的如来佛像。柯南和小兰和毛利小五郎一起来到寺庙，但他们都对画字谜不知所措。五名遇难者中有一人很好地照顾了服部平次，他是大阪的一名高中生，堪比新一。服部哲也来到京都调查案件的秘密，并借此机会找到了他的初恋。当柯南遇到服部哲一起调查时，他发现有人想杀服部哲，然后源氏萤火虫的另一个成员也被杀了，而这一切似乎都与绘画谜题有关。