十四年前，第一只号角疑似神化的第一形态的觉醒，带来了近三次冲击，让世界发生了前所未有的变化。之后，三户葛城和其他NERV总部的人逃跑了，并建立了抵抗瑟尔和NERV的威尔。威尔委托明日香(由段丽阳·宫村配音)和李珍(由坂本真绫配音)夺回被封在卫星轨道上的号角机和Shinji Ikari(由绪方惠美配音)，但绝对禁止Shinji登上号角机。感觉到周围的敌意，无知的真嗣跟随绫波丽(林原惠美配音)登上突然入侵的九号机，回到千疮百孔的NERV总部。在这里，他意外地遇到了非常想念他的林波，并从他的父亲那里得知他将与美国少年渚香(石田彰配音)一起驾驶第13架飞机。14年的空白，其间的沧桑和感情纠葛让真嗣不知所措。而看似温和的大坂嘉务为他揭开了种种不可思议的...

本片是EVA 的第三部。;的新戏剧三部曲。