故事发生在日本江户时代。一名神秘男子出现在武士桂小太郎(石田彰配音)面前。他拿着恶魔刀 "红樱 "并要求尝试一下。那天晚上之后，桂 他的下落不明。Gui 宠物伊莉莎白(高松信司饰演)找到万寿楼的申乐(钉宫理惠饰演)和辛巴(坂口大助饰演)，并委托他们寻找失主的下落。与此同时，印石(杉田智和)也受托寻找到处作恶的红樱的下落。三人的线索聚集在一架空中飞艇上，飞艇里的恶势力因为远离警方的管辖范围而称霸天空。在那里，印石遇到了他以前的战友，现在的对手高山晋辅(子安武人配音)，他正带领自己的幽灵战士试图摧毁江户。一边是恶毒的恐怖分子，一边是残忍嗜血的魔刀红樱。身负重伤的尹能否安全脱险，拯救江户？

这个剧场版在《银魂》动画，其中原著中没有出现的真选人团也将在故事中大显身手。