卡勒姆·林奇(迈克尔·法斯宾德饰)在死刑执行前醒来，发现他被索菲亚(玛丽昂·歌迪亚饰)选中，参与一项可以将人类从暴力冲动中解放出来的计划。虚拟现实机器Animus可以让用户体验祖先的记忆。被绑在机器上后，卡勒姆·林奇意识到自己是生活在西班牙宗教裁判所的刺客阿奎莱拉的后代。他们在伊甸园中寻找一个可以控制他们自由意志的苹果。在父亲艾伦(杰瑞米·艾恩斯饰)的压力下，索菲亚不情愿地操纵卡勒姆·林奇回到过去寻找伊甸园苹果在现代世界的下落，威胁着他的身心健康。然而，在同伴穆萨(迈克尔·威廉姆斯饰)暗示卡勒姆·林奇并提醒他艾伦可能有不纯洁的动机后，卡勒姆·林奇开始重新考虑他的行为和动机，人类自由意志的命运变得未定...